Sede della più antica università a nord delle Alpi, fondata da Carlo IV nel 1348, Praga è divenuta un importante centro di cultura europea soprattutto sotto il regno di Rodolfo II di Asburgo (1576-1611) ma già nel IX secolo era residenza di vescovi e capitale del Grande Impero di Moravia. I suoi numerosi monumenti ed edifici architettonici documentano il sovrapporsi di dominazioni e di culture, dall'Impero al Regno di Boemia e poi ancora dall'Impero Asburgico fino al Terzo Reich, dal comunismo alla rinascita alla fine degli anni Ottanta come capitale della repubblica indipendente. Nel XII secolo il Re Venceslao invitò i mercanti tedeschi in città e agevolò i commerci creando condizioni favorevoli: il quartiere di Mala Strana, ai piedi del Castello, venne appunto riservato alla residenza degli intraprendenti commercianti, scacciandone la comunità ebraica che lo occupava in precedenza.
Al Sacro Romano Imperatore, Carlo IV, si deve l'età d'oro di Praga: fece erigere la Cattedrale di San Vito, costruire il ponte di Carlo e creò la cosidetta Città Nuova, come la conosciamo ora. I gesuiti, che vennero chiamati nel Seicento ad evangelizzare il paese, vi lasciarono invece splendidi edifici barocchi. Dopo le rivolte sanguinose scatenate dai seguaci di Jan Hus alla morte di Carlo, i principi cechi tentarono di contrastare la nascente potenza degli Asburgo ma vennero sconfitti nella Battaglia della Montagna Bianca e la città conobbe un periodo di declino, mentre cresceva l'importanza di Vienna come capitale dell'Impero Austro Ungarico che dominò per più di trecento anni.
La Rivoluzione Industriale del 19mo secolo vide comunque una rinascita della città come centro di sviluppo economico e un rafforzamento dell'identità culturale, con la costruzione del Teatro e del Museo Nazionale e una riscoperta della lingua che era caduta in disuso dopo la Battaglia della Montagna Bianca. Dopo la sconfitta degli Austro Ungarici nella Prima Guerra Mondiale, questo sentimento andò sempre rafforzandosi e musicisti come Dvorak e Smetana ne furono gli interpreti culturali . Nel 1918 Praga divenne la capitale dello stato indipendente di Cecoslovacchia e la sua potenza crebbe fino all'aggressione nazista del 1939 con la conseguente annessione al Reich.
La città, sopravvissuta alle distruzioni della guerra, venne liberata dai carri armati russi nel 1945, con l'espulsione di circa tre milioni di abitanti di lingua tedesca. Dopo tre anni di libertà controllata venne proclamata la Repubblica Socialista e lo stato finì nell'orbita sovietica. La Primavera di Praga, nel 1968, un breve tentativo di liberalizzazione guidato da Dubcek, venne stroncata dall'invasione dei carri armati del Patto di Varsavia. Il dominio comunista, contrastato da un crescente dissenso, finì solo 21 anni più tardi, nel 1989, con la caduta del Muro di Berlino, le dimissioni del governo e l'elezione di Vaclav Havel a presidente della Repubblica che diede il via ad un nuovo rinascimento di Praga come capitale europea delle arti e della cultura, in un clima finalmente libero.